Totto-Chan berman bersama Yashuaki. (dok. Feat Pictures Indonesia/Totto-Chan: The Little Girl at the Window)
Sejak awal film, penonton dibuat tertawa melihat tingkah laku Totto-Chan yang aktif dibanding anak lain di kelasnya. Tingkahnya yang lucu dan menggemaskan ini justru membuat gurunya kewalahan. Sehingga, Totto-Chan harus dipindahkan ke sekolah lainnya yang bisa menerima sifatnya yang lebih aktif dan tidak berhenti bercerita.
Begitu ibunya membawa Totto-Chan ke Tomoe Gakuen, sekolahnya yang baru, penonton diperkenalkan dengan tokoh Sosaku Kobayashi sang kepala sekolah. Di sinilah emosi penonton mulai diaduk dengan perasaan haru dan kagum melihat sikap Kobayashi yang penuh pengertian menghadapi anak-anak didiknya.
Di Tomoe Gakuen, Kobayashi menerapkan sistem pendidikan yang berbeda bagi setiap anak menyesuaikan dengan kebutuhan setiap anak yang berbeda. Seiring berjalannya waktu, Totto-Chan mulai akrab dengan murid Tomoe Gakuen lainnya. Salah satunya Yashuaki, seorang anak pengidap penyakit polio. Hingga akhirnya Totto-Chan menjadi sahabat Yashuaki.
Kisah Yashuaki bersama Totto-Chan membuat penonton mampu tertawa, sejenak kemudian terharu, lalu tak lama malah penuh tangisan. Penonton seolah tidak diberikan waktu untuk sejenak bersikap netral meredakan emosi. Sampai akhir cerita, emosi naik turun selalu mewarnai setiap adegan.