Berbeda dengan ketiga film sebelumnya, film kali ini mengisahkan tentang anggota TNI Angkatan Laut. Menceritakan tentang Badai,seorang marinir yang dahulu pernah berduka mendalam setelah ditinggalkan oleh sahabatnya sejak kecil, Nugi. Kematian Nugi yang mendadak juga membuat Joko, sang kakak, menyimpan dendam terhadap Badai namun Joko juga menjadi seorang prajurit sekarang. Mereka pun dipertemukan saat bertugas di daerah pesisir. Badai dan Joko harus berkutat dengan kasus terapungnya mayat misterius. Keadaan semakin memuncak kita anak penduduk lokal tertembak. Mereka harus memecahkan kasus tersebut di tengah konflik emosi.
Usut punya usut, kejahatan tersebut dilakukan oleh sindikat perdagangan manusia dan senjata. Badai saat itu sedang dekat dengan gadis setempat, Anisa. Malangnya, Anisa juga tidak sengaja terseret ke dalam sindikat kejahatan tersebut. Bagaimana Badai dapat menyelamatkan Anisa dengan atau tanpa bantuan Joko?
Film ini dibintangi Arifin Putra, Yama Carlos hingga Astrid Tiar yang menjadi debut filmnya. Badai di Ujung Negeri memakan waktu kurang lebih 3 bulan untuk proses syutingnya yang berlokasi di Pulau Bintan.