Diadaptasi dari novel karangan Joan Gale Robinson dengan tajuk serupa, When Marnie Was There merupakan film terakhir karya Hiromasa Yonebayashi untuk Studio Ghibli. Film ini bahkan berhasil dinominasikan sebagai Best Animated Feature di Academy Awards ke-88.
Film ini berfokus pada Anna Sasaki, seorang gadis berusia 12 tahun dengan kepercayaan diri rendah karena mengidap asma. Anna lantas menghabiskan liburan musim panasnya di rumah kerabat ibunya yang terletak di pedesaan dengan udara yang segar dan bersih.
Suatu hari, Anna melihat seorang gadis seumurannya berambut pirang di jendela rumah yang terbengkalai. Anehnya lagi, Anna kerap bermimpi soal gadis tersebut. Namun pada akhirnya, mereka bertemu di malam Festival Tanabata.
Gadis berambut pirang itu bernama Marnie dan mereka menjadi teman baik. Akan tetapi, seiring persahabatan mereka tumbuh, banyak rahasia dan misteri tersingkap. Tak hanya misteri soal Marnie, tetapi juga rahasia tentang keluarga Anna.