Chabashira menerangkan peraturan SMA Metropolitan Tokyo. (dok. Studio Lerche/Classroom of the Elite)
Anime ini berpusat pada Kiyokata Ayanokouji yang masuk ke kelas 1-D di sekolah elite Metropolitan Tokyo. Sekolah ini berisi fasilitas yang sangat lengkap dan menjamin muridnya mendapatkan masa depan yang cerah setelah lulus. Tak hanya itu, sekolah bersistem asrama ini juga memberikan poin yang bernilai sama dengan Yen sebagai alat pembayaran di area sekolah. Apa pun bisa dibeli dengan poin tersebut. Namun, yang membuat para siswa tercengang, poin yang diberikan di hari pertama sekolah adalah 100 ribu poin!
Dengan asumsi bahwa pemberian poin sebanyak itu dilakukan setiap bulan, para siswa kelas D menjadi boros dan menghamburkan poin mereka. Sebagian siswa juga membolos dan tidak mendengarkan pelajaran di kelas. Akhirnya, tiba saatnya hari ketika mereka akan mendapatkan jatah poin bulanan. Namun, tidak ada poin sepeser pun yang masuk untuk siswa kelas D.
Sang wali kelas, Chabashira Sae kemudian mengungkapkan hierarki sebenarnya dari sekolah ini. Setiap siswa dinilai berdasarkan potensi dan prestasi sehingga kelas D yang sudah terlanjur takabur dari awal terpaksa memiliki poin paling rendah di antara keempat kelas. Mereka harus mampu menyalip poin kelas lainnya jika ingin mendapatkan poin bulanan dan bertahan hidup di sekolah tersebut.
Alur cerita anime ini cukup menarik mengingatkan kita untuk tidak cepat berpuas diri ketika memiliki sesuatu yang berlebih. Kelas D yang dicap sebagai kelas buangan pun berusaha sebaik mungkin agar bisa bertahan setelah kehilangan banyak poin mereka. Selain itu, penulis juga terkesan dengan berbagai taktik Ayanokouji untuk dapat menyelamatkan kelas D di belakang layar.