Yun menemukan radio misterius di rumah terbengkalai. (dok. Studio Bones/Godzilla Singular Point)
Di Kota Nigashio, Prefektur Chiba, keadaan awalnya sangat damai. Siapa sangka jika kota yang berada di pinggir pesisir ini akan jadi tempat berawalnya malapetaka bagi dunia. Di kota ini, Yun Arikawa adalah progammer genius yang bekerja untuk Otaki Factory. Berkat kegeniusannya, Yun bahkan berhasil mengembangkan software cerdas bernama Naratake yang dapat digunakan untuk membantu manusia, khususnya untuk pengoptimalan informasi. Oleh bosnya, ia diminta untuk menyelidiki sinyal aneh yang muncul di sebuah rumah tua yang sudah terbengkalai. Sinyal elektromagnetik muncul dari radio yang tersimpan di rumah tersebut pun membunyikan lagu misterius dan membuat lampu-lampu jadi berkedip tak keruan. Di sisi lainnya, seorang mahasiswa pascasarjana bernama Mei Kamino juga diminta untuk memeriksa sinyal serupa di Misakioku, bekas gedung administrasi di distrik Tsuguno. Situasinya pun sama dengan yang didapatkan oleh Yun, lagu India yang misterius tiba-tiba dimainkan di sana secara berulang.
Setelah penemuan sinyal yang dialami Yun dan Mei, berbagai keanehan pun mulai menghampiri kota tersebut. Seekor makhluk terbang mirip pteranodon muncul entah dari mana dan membuat ilmuwan-ilmuwan Jepang dan seluruh dunia bertanya-tanya. Seiring waktu, burung burung purba ini mulai disebut dengan Radon dan jumlah yang terlihat jadi semakin banyak. Tak hanya Radon, berbagai makhluk prasejarah lainnya, mulai dari Manda, Anguirus, Kumonga, hingga Salunga pun mulai meresahkan para penduduk dan menginvasi belahan dunia lainnya. Situasi pun jadi semakin genting tatkala makhluk-makhluk ini mulai menyebarkan asap merah misterius dan menggiring Godzilla ke pusat Kota Tokyo.
Menyadari ancaman luar biasa dan banyaknya teka-teki yang belum terpecahkan mengenai kemunculan makhluk-makhluk prasejarah ini, Yun dan Mei bekerja sama untuk mencari tahu akar masalah dan berharap bisa menyelesaikan kehancuran ini sebelum terlambat. Mei menggunakan program Naratake buatan Yun untuk saling bertukar informasi dan bepergian ke belahan dunia lainnya untuk mencari jawaban.
Awalnya penulis sudah tertarik dengan anime ini karena premis yang disajikan berupa kehancuran dunia memang dibuat begitu menarik sekaligus mencekam. Kemunculan makhluk prasejarah, seperti Radon, Manda, Anguirus, Kumonga, Salunga hingga Godzilla, secara bertahap seolah memberikan pertanda akan ada ancaman yang besar di ujung cerita anime ini. Pembawaan cerita pun terbilang urut. Dari awal hingga akhir, semua misteri yang membuat penonton bertanya-tanya akan terjawab seiring anime ini berlangsung. Beberapa kekurangan menurut penulis mungkin hanya terletak di beberapa penyampaian istilah yang agak kurang familier di telinga penonton.