Langkah yang diambil pemerintah Turki ini mengundang kekecewaan dari dalam maupun luar negeri. Meski kebanyakan masyarakat Turki memeluk Islam, tapi nyatanya sebagian dari mereka ada yang tidak setuju dengan keputusan ini, salah satunya Orhan Pamuk. Dikembalikannya Hagia Sophia menjadi tempat peribadahan suatu agama justru menghilangkan kebanggaannya atas negara yang selama ini dikenal sekuler, memisahkan urusan agama dan politik.
Keputusan itu tak pelak juga memicu kecaman dari Amerika Serikat, Yunani, dan negara-negara barat lain serta para pemimpin kristen ortodoks. Bahkan Paus Fransiskus pun merasa "sedih" karenanya. Pihak UNESCO juga mengatakan Komite Warisan Dunia akan meninjau kembali status Hagia Sophia.
Meski begitu, negara yang menghargai dan menerima dengan bahagia akan perubahan status tersebut tak kalah banyaknya. Terutama negara beraliran islam. Melihat polemik internasional yang terjadi, Ketua Dewan Pertimbangan Majelis Ulama Indonesia Din Syamsuddin pun memberikan komentarnya dengan menyarankan pilihan yang mungkin dapat menyikapi polemik ini. Yaitu mengembalikan Hagia Sophia menjadi katedral dengan syarat Al Hambra, yang ada di Spanyol, kembali difungsikan menjadi masjid mengingat hal ini bukan lagi masalah setuju atau tidak melainkan melibatkan dunia internasional.