Yumi’s Cells 3 membawa perubahan besar dalam kehidupan Kim Yu Mi (Kim Go Eun), termasuk di dalam desa selnya. Setelah lama berada dalam kondisi tenang tanpa gejolak asmara, banyak sel yang sebelumnya tertidur akhirnya kembali aktif. Perubahan ini membuat suasana desa sel yang sempat sepi menjadi lebih hidup.
Kehadiran Shin Soon Rok (Kim Jae Won) menjadi pemicu utama kebangkitan tersebut. Emosi yang sebelumnya stabil mulai bergerak kembali dan memicu berbagai reaksi yang tidak terduga. Dari situlah, empat sel ini menjadi yang paling menonjol di dua episode awal Yumi’s Cells 3.
