Sesuai judulnya, Undercover Miss Hong mengangkat tema penyamaran di perusahaan. Kisahnya berpusat pada aksi petugas pengawas keuangan yang menggunakan identitas adiknya untuk masuk perusahaan besar. Hal itu dilakukannya untuk menyelidiki aliran dana gelap.
Di sisi lain, ternyata ada juga karakter yang merahasiakan identitas dan latar belakangnya ketika masuk perusahaan tersebut. Sosok tersebut adalah Kang No Ra (Choi Ji Su) yang terlahir sebagai putri satu-satunya dari pemilik perusahaan. Ia diperintahkan sang ayah untuk kerja di perusahaan dari bawah dengan menyembunyikan identitas aslinya. Jika berhasil menjalankan misi tersebut, dirinya akan diberi imbalan berupa tambahan saham 9 persen.
Tawaran yang menggiurkan itu membuat Kang No Ra dipaksa sang ibu untuk melakukan penyamaran. Ia mendaftar di perusahaan dengan nama Kang Eun Joo. Meski begitu, ada beberapa karakter yang tahu identitas asli Kang No Ra di Undercover Miss Hong, Siapa sajakah karakter tersebut?