Tentara PRRI-Permesta yang ditawan oleh TNI/Repro. Buku "Jalesveva Jayamahe" (Dinas Penerangan TNI Angkatan Laut, 1960)
Sistem demokrasi parlementer atau demokrasi diterapkan pemerintah pada tahun 1950-1959. Adanya campur tangan dari para politisi pada periode ini, mengakibatkan keretakan internal TNI AD yang dikenal dengan Peristiwa 17 Oktober 1952.
Peristiwa tersebut mendorong TNI masuk ke dunia politik, bahkan membuat partai politik bernama Ikatan Pendukung Kemerdekaan Indonesia (IP-KI) dan ikut pemilu tahun 1955.
Tahun-tahun ini juga diwarnai dengan pemberontakan dalam negeri. Pada 1950, sebagian mantan KNIL melancarkan pemberontakan yang dikenal dengan Angkatan Perang Ratu Adil (APRA) di Bandung, pemberontakan Andi Azis di Makassar, dan pemberontakan Republik Maluku Selatan (RMS) di Maluku.
Di sisi lain, DI TII Jawa Barat juga melebarkan sayapnya ke Kalimantan Selatan, Sulawesi Selatan, dan Aceh. Lalu pada tahun 1958, Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia/Perjuangan Rakyat Semesta (PRRI/Permesta) melakukan pemberontakan di wilayah Sumatera dan Sulawesi Utara yang mengancam integritas nasional.
Semua pemberontakan itu berhasil ditumpas oleh TNI bersama kekuatan komponen bangsa lainnya.