MPR berwenang mengubah dan menetapkan Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia 1945. Dalam mengubah UUD 1945, anggota MPR tidak dapat mengusulkan pengubahan terhadap Pembukaan Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945, dan bentuk Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Sidang paripurna MPR dapat memutuskan pengubahan pasal Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia1945, dengan persetujuan sekurang-kurangnya 50 persen dari jumlah anggota ditambah satu anggota.
MPR melantik Presiden dan Wakil Presiden hasil pemilihan umum dalam sidang paripurna MPR. Sebelum reformasi, MPR yang merupakan lembaga tertinggi negara memiliki kewenangan untuk memilih Presiden dan Wakil Presiden dengan suara terbanyak, namun sejak reformasi bergulir, kewenangan itu dicabut sendiri oleh MPR.
Perubahan kewenangan t aersebut diputuskan dalam Sidang Paripurna MPR RI ke-7, lanjutan kedua 9 November 2001, yang memutuskan bahwa Presiden dan Wakil Presiden dipilih secara langsung oleh rakyat, Pasal 6A ayat (1).
MPR hanya dapat memberhentikan Presiden dan atau Wakil Presiden dalam masa jabatannya menurut UUD 1945. Pemberhentian Presiden dan atau Wakil Presiden diusulkan oleh DPR. Keputusan MPR terhadap usul pemberhentian Presiden dan atau Wakil Presiden diambil dalam sidang paripurna MPR yang dihadiri sekurang-kurangnya 3/4 (tiga perempat) dari jumlah anggota dan disetujui oleh sekurang-kurangnya 2/3 (dua pertiga) dari jumlah anggota yang hadir.
Jika Presiden mangkat, berhenti, diberhentikan, atau tidak dapat melakukan kewajibannya dalam masa jabatannya, ia digantikan Wakil Presiden sampai berakhir masa jabatannya. Jika terjadi kekosongan jabatan Presiden, MPR segera menyelenggarakan sidang paripurna MPR untuk melantik Wakil Presiden menjadi Presiden.
Dalam hal MPR tidak dapat mengadakan sidang, Presiden bersumpah menurut agama atau berjanji dengan sungguh-sungguh di hadapan rapat paripurna DPR. Dalam hal DPR tidak dapat mengadakan rapat, Presiden bersumpah menurut agama atau berjanji dengan sungguh-sungguh di hadapan pimpinan MPR dengan disaksikan oleh pimpinan Mahkamah Agung.
Dalam hal terjadi kekosongan Wakil Presiden, MPR menyelenggarakan sidang paripurna dalam waktu paling lambat 60 (enam puluh) hari untuk memilih Wakil Presiden dari dua calon yang diusulkan oleh Presiden, apabila terjadi kekosongan jabatan Wakil Presiden dalam masa jabatannya.
Apabila Presiden dan Wakil Presiden mangkat, berhenti, diberhentikan, atau tidak dapat melakukan kewajibannya dalam masa jabatannya secara bersamaan, MPR menyelenggarakan sidang paripurna paling lambat 30 hari untuk memilih Presiden dan Wakil Presiden.
Dari kedua pasangan calon presiden dan wakil presiden yang diusulkan partai politik atau gabungan partai politik, yang pasangan calon Presiden dan Wakil Presidennya meraih suara terbanya,k pertama dan kedua dalam pemilihan umum sebelumnya, sampai berakhir masa jabatannya.