Ilustrasi warga Timor Leste. ANTARA FOTO/WIDODO J
Pada bulan Februari 2008, Presiden Ramos-Horta nyaris jadi korban pembunuhan di Dili. Situasi yang membuat situasi politik di negeri yang masih mud aitu jadi genting. Xanana kembali memimpin insiatif pemulihan situasi, sehingga suhu politik reda. Ekonomi Timor Leste tumbuh pesat di bawah kepemimpinan Xanana sebagai PM, meskipun masih banyak rakyat hidup miskin. CNRT kembali menang pemilu parlemen pada 2012, tapi lagi-lagi gagal menang mayoritas. Xanana kembali meraih kursi PM untuk kedua kalinya, hasil pemerintahan koalisi.
Tahun 2014 Xanana mengumumkan niat pensiun dari porsi pemimpin politik. Dia meninggalkan jabatan PM pada 16 Februari 2016. Rui Maria de Araújo dari parpol Fretilin menjadi PM, dan menunjuk Xanana sebagai menteri perencanaan dan strategi pembangunan.
Meskipun pernah bermusuhan, hubungan kedua negara, Indonesia dan Timor Leste, jadi erat. Ramos-Horta dan Xanana merasa punya banyak sahabat di Indonesia. Presiden Susilo Bambang Yudhoyono memberikan anugerah Bintang Kehormatan Adipurna kepada PM Xanana. Penghargaan diberikan di sela-sela acara Bali Democracy Forum, 13 Oktober 2014. Presiden SBY mengatakan, Xanana berjasa dalam membangun hubungan diplomatik dengan Indonesia. Xanana sempat terharu dan tersendat bicaranya saat menyampaikan pidato penerimaan. “Indonesia dan Timor Leste telah berhasil membangun rasa saling menghargai,” kata Xanana, dikutip dari laman setpres.id.
PM Xanana dan Presiden Ramos-Horta akan memimpin Timor Leste dalam proses keanggotaan penuh di organisasi asosiasi negara Asia Tenggara (ASEAN). Timor Leste telah diterima secara resmi sebagai anggota ke-11 ASEAN dalam KTT di Kamboja 2022. Indonesia mendukung Upaya Timor Leste menjadi anggota penuh di masa kepemimpinan Indonesia di ASEAN tahun ini.