Secara garis besar, koleksi yang jumlahnya sekitar seratus buah itu dikategorikan menjadi dua. Lantai atas menjadi ruang pamer bagi karya lukis modern para empu seni rupa, seperti maestro ekspresionisme Affandi, begawan realisme dan naturalisme Basoeki Abdullah, Bapak Seni Rupa Indonesia Modern S Sudjojono, perintis romantisisme di Indonesia Raden Saleh, serta pelukis kenamaan Hendra Gunawan dan Lee Man Fong. Karya pelukis Belanda yang pernah berkarya di Bali, seperti Rudolf Bonnet dan Willem Hofker, serta seniman Filipina berdarah Spanyol-Amerika Antonio Blanco juga ada di sini.
Sayangnya, karena penataan lantai atas belum sepenuhnya selesai saat peluncuran, pengunjung belum diizinkan mengeksplorasi karya-karya yang terpajang di sana. Sementara, karya kontemporer dari seniman seperti Heri Dono, Eko Nugroho, Eddy Susanto, Eddie Hara, Geraldine Javier, Aya Takano, Kei Imazu, Rudi Mantovani, Aditya Novali, hingga Christine Ay Tjoe dipamerkan di lantai dasar. Selain itu, terdapat pula tiga mobil antik milik Lukminto pabrikan Mercedes Benz dan Dodge.
Saat memasuki ruang museum, yang tampak mencolok pertama kali adalah seni instalasi ganjil berbentuk susunan vertikal bola mata berukuran setinggi tujuh meter bertajuk Changing Perspectives. Karya yang terkenal karena pernah tampil dan menjadi tema utama Art Jog ke-10 2017 di Jogja National Museum ini dibuat oleh Wedhar Riyadi, seorang perupa muda asal Yogyakarta.
Wedhar merupakan seniman yang dipengaruhi oleh budaya pop dan teknologi. Karyanya yang ngepop tak jauh dari karakter kartun, komik, dan anime. Instalasi bola mata ini menggambarkan sebuah situasi di era digital ketika teknologi informasi membuat manusia seakan-akan selalu diawasi oleh banyak mata. Bahkan, media sosial telah menjelma menjadi “mata berkaki” yang bisa mengikuti ke mana pun mereka bergerak dan beraktivitas, menggerus ruang privasi para pengguna.
Di Tumurun, karya Wedhar menjadi ikon dan paling awal menarik perhatian karena letaknya di tengah-tengah ruangan. Instalasi raksasa di museum semacam ini bukan hal aneh. El Museo Guggenheim Bilbao Spanyol, misalnya, memiliki sebuah patung raksasa berwujud laba-laba “Maman” setinggi lebih dari sembilan meter karya seniman Perancis Louise Bourgeois, dan menjadi ikon museum yang dikenal dengan arsitekturnya yang unik itu.