Sebelum berganti nama menjadi IPDN, institut milik Kementerian Dalam Negeri ini dulu lebih dikenal dengan nama Sekolah Tinggi Pemerintahan Dalam Negeri (STPDN).
Namun beberapa kali kampus ini pernah tersandung masalah terkait kekerasan di lingkungan lembaga pendidikan milik Kementerian Dalam Negeri tersebut yang dilakukan oleh oknum senior kepada juniornya.
Oleh karena kasus tersebut, pemerintah melalui Kementerian Dalam Negeri diminta untuk berbenah memperbaiki standar pendidikan di kampus tersebut.
Pada tanggal 10 Oktober 2007, dalam sebuah sidang kabinet, Presiden RI ke-6 Susilo Bambang Yudhoyono memutuskan untuk menggabungkan STPDN dengan Institut Ilmu Pemerintahan (IIP) menjadi IPDN menyusul terungkapnya kasus kekerasan yang terjadi di STPDN tersebut.