Kebijakan PPKM Mikro tertuang dalam Instruksi Menteri Dalam Negeri Nomor 3 Tahun 2021 yang ditunjukkan kepada para kepala daerah Pulau Jawa dan Pulau Bali yang masuk daftar wilayah PPKM Mikro.
PPKM Mikro menyasar pada pembatasan kegiatan masyarakat secara terbatas berbasis di wilayah terkecil, mulai dari kelurahan/desa hingga RT/RW.
Ada beberapa kriteria atau zonasi tertentu berdasarkan cakupan daerah-daerah hingga RT untuk menerapkan kebijakan PPKM Mikro.
PPKM daerah misalnya, terdapat beberapa kriteria seperti tingkat kematian di atas rata-rata tingkat kematian nasional dan tingkat kesembuhan di bawah rata-rata tingkat kematian nasional.
Selanjutnya, kasus aktif harus di atas rata-rata kasus aktif nasional dan keterisian RS untuk tempat tidur isolasi dan ICU di atas 70 persen. Daerah yang masuk dalam kriteria itu harus menerapkan kebijakan PPKM Mikro.