Anton Medan memang keturunan Tionghoa, namun dia turut turun ke jalan dan ikut kerusuhan. Hal itu untuk membuktikan kesetiaannya kepada rakyat, tetapi dia sendiri yang jadi sasaran.
Dalam kekacauan politik tahun 1998 itu, Prabowo Subianto, menantu Soeharto sekaligus Panglima Kopassus, dilaporkan telah merekrut dan memanipulasi Anton Medan untuk mendapatkan pendukung militan.
Dalam penyidikan kasus kerusuhan 1998, Anton Medan membantah tuduhan terlibat aktif di balik layar kendati berada di tengah-tengah massa. Namun, dia menolak untuk bersaksi kecuali Komisi Nasional Hak Asasi Manusia merehabilitasi namanya terlebih dahulu.