Muchdi Pr ketika mengikuti persidangan pembunuhan kasus Munir pada 2008 di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan (ANTARA FOTO)
Setelah tak lagi mengabdi di TNI AD, Muchdi bekerja di Badan Intelijen Negara (BIN). Di sana ia menjabat sebagai Deputi V bidang penggalangan dukungan. Ketika dia bergabung, BIN sedang dipimpin AM Hendropriyono.
Namun, ketika masih bertugas di BIN, Muchdi dituduh terlibat dalam pembunuhan Munir. Ia dijadikan tersangka dan ditangkap Bareskrim Polri pada 2008.
Polisi menemukan bukti-bukti kuat bahwa Muchdi terlibat pembunuhan Munir pada 2004 dengan menggunakan racun arsenik. Selain Muchdi, polisi juga menetapkan tersangka lainnya yakni Pollycarpus Priyanto yang merupakan pilot Garuda Indonesia yang belakangan diketahui juga merupakan agen BIN.
Muchdi kemudian ditahan di rutan Brimob Kelapa Dua hingga persidangan bergulir di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan. Sidang perdana digelar pada 21 Agustus 2008 dan menjadi sorotan luas publik.
Jaksa Penuntut Umum (JPU), Cyrus Sinaga membacakan dakwaan berisi motif Muchdi membunuh Munir. Ia mengatakan Muchdi sakit hati terhadap Munir karena menyebabkan dia harus mundur dari Danjen Kopassus.
Munir semasa hidupnya adalah aktivis LSM yang vokal mengkritik kebijakan pemerintah. Salah satu kritikan Munir adalah desakan kepada pemerintah terkait adanya investigasi terhadap penculikan 13 aktivis 1998. Munir pula yang mengungkap pelaku penculikan terhadap para aktivis adalah oknum anggota Kopassus.
"Sehingga terdakwa sakit hati dan dendam pada korban. Dengan diangkatnya terdakwa sebagai Deputi V BIN tahun 2003, kewenangan jabatan itu memberi peluang terdakwa menghentikan kegiatan Munir yang telah merugikan terdakwa. Terdakwa lalu menggunakan anggota jejaring non organik BIN, mantan pilot Garuda Pollycarpus Budihari Priyanto. Dengan posisi Polly sebagai pilot, ia lebih memiliki peluang menghabisi Munir ketika Munir melakukan perjalanan dengan pesawat Garuda," ujar Cyrus ketika membacakan surat dakwaan pada 2008.
Atas perbuatannya, Cyrus menuntut Muchdi bui 15 tahun penjara. Namun, majelis hakim pada 31 Desember 2008 malah menjatuhkan vonis bebas.
Majelis hakim yang dipimpin Suharto menyatakan Muchdi tak memiliki motif untuk membunuh Munir, meski di persidangan telah diperdengarkan percakapan telepon antara Pollycarpus Budihari Priyanto dan Muchdi. Hal itu dianggap hakim tak bisa dijadikan barang bukti.