Pada 4 April 2003, peristiwa berdarah kembali terjadi di tanah Papua. Kali ini lokasinya di Wamena, Kabupaten Jayawijaya. Peristiwa bermula ketika masyarakat sipil Papua sedang merayakan Hari Raya Paskah. Tiba-tiba warga dikejutkan dengan adanya penyisiran di 25 kampung.
Aparat keamanan melakukan penyisiran setelah sekelompok massa tak dikenal membobol gudang senjata Markas Kodim 1702/Wamena. Saat pembobolan ini, dua anggota Kodim yang merupakan penjaga gudang senjata tewas, dan satu lainnya luka berat.
Tidak hanya menewaskan dan melukai anggota TNI, dalam peritiwa itu pelaku yang tak dikenal tersebut juga berhasil membawa kabur sejumlah senjata dan amunisi. Merespons kejadian ini, aparat gabungan dari TNI dan Polri dikerahkan untuk mencari pelaku di 25 kampung selama kurang lebih 3 bulan.
Dalam peristiwa ini, dilaporkan terjadi penangkapan sejumlah orang, penyiksaan, dan memaksa masyarakat mengungsi. Peristiwa ini juga menyebabkan jatuhnya korban jiwa dan kerugian non fisik lainnya.
Pada Juli 2004, Komisi Nasional Hak Asasi Manusia telah mengeluarkan laporan penyelidikan projusticia atas kasus ini. Dilaporkan 9 orang tewas terbunuh, 38 orang luka berat dan cacat, dan terjadi pemindahan secara paksa penduduk di 25 kampung.
Dikutip dari tapol.org, sebuah situs yang mengkampanyekan hak asasi manusia, perdamaian dan demokrasi yang berkantor di Inggris, peristiwa itu juga menyebabkan 42 orang meninggal karena kelaparan dan 15 orang menjadi korban perampasan kemerdekaan.
Komnas HAM juga menemukan penandatanganan surat pernyataan serta perusakan fasilitas umum seperti gereja, poliklinik, dan gedung sekolah.