Dia pun divonis hukuman penjara selama 23 tahun karena mendanai terorisme. Vonis tersebut dibatalkan pada tahun 2013, namun masih menjalani hukuman penjara untuk tuduhan terkait terorisme lainnya, demikian menurut pengacaranya sebagaimana dilansir dari Newsweek.
Selain itu sang dokter juga menghadapi persidangan dengan pasal tuduhan pembunuhan karena kematian seorang pasien lebih dari satu dekade lalu.
Menurut pengacaranya, Dr. Shakil Afridi terakhir mendapatkan pengurangan hukuman menjadi 7 tahun karena mendapatkan pengampunan, dan telah menjalani waktu hukuman.