Jumat (3/6), Yamato ditemukan dalam sebuah fasilitas latihan tentara Jepang di hutan Komagatake, sekitar lima kilometer dari lokasi awal dia ditinggalkan. Pencarian Yamato diikuti oleh 180 orang yang di antaranya polisi, milter dan relawan. Para pencari itu tidak kesulitan untuk menemukannya selama enam hari. Namun, justru salah satu tentara yang mengunjungi fasilitas tersebut melihat Yamato sedang tidur di salah satu kasur.
Tentara itu pun memastikan bahwa anak lelaki yang ditemukan adalah Yamato yang dicari-cari selama enam hari. Ketika Yamato mengakui hal tersebut, kata selanjutnya yang dia katakan ada lapar. Yamato tidak makan selama enam hari di hutan.
Tentara itu pun memberikan makanan untuknya. Yamato pun dengan lahap memakan semua yang diberikan. Hebatnya, Yamato tidak terluka sama sekali selama enam hari dalam hutan yang dikenal terdapat banyak beruang berkeliaran di dalamnya. Yamato juga tidak menangis ataupun mengeluh saat ditemukan.
Yamato pun mengakui bahwa dirinya hanya minum dari keran air yang berada di luar fasilitas militer. Setelah ditemukan dan diberi makan seadanya, Yamato langsung dibawa ke rumah sakit. Dirinya dinyatakan kelelahan dan dehidrasi.