Gereja Rusia sangat rentan terhadap perpecahan, sehingga kultus dan sekte sesat dapat berkembang dengan mudah di penjuru Kekaisaran Rusia yang luas. Salah satunya, Khlysty, dikenal sering mencambuk diri mereka sendiri untuk menunjukkan penghinaan terhadap tubuh fisik mereka.
Molokane (“Peminum Susu”) menolak untuk melayani militer dan mencoba membangun komune pasifis di Siberia. Para Doukhobor ("Pendekar Roh") lebih suka Living Book versi mereka sebagai himne untuk Alkitab.
Yang paling aneh dari semuanya adalah kaum Skoptsy, yang menganggap seks sebagai sumber dari semua dosa, sehingga melakukan ritual pengebirian dan mutilasi genital. Pria Skoptsy akan memotong testikel mereka dan membakar luka itu dengan besi panas, sedangkan yang lain akan memotong penis mereka juga.
Wanita Skoptsy harus mengiris payudara atau putingnya, dan beberapa bentuk sunat untuk perempuan juga dilakukan. Skoptsy juga mengebiri anak-anak kecil mereka, sehingga sekte itu hanya bertahan hidup dengan mengubah anggota baru. Sekte ini bertahan selama lebih dari satu abad.
Lalu ada Old Believers, sekte tradisionalis yang mengadakan kebaktian secara rahasia di mana mereka menyilangkan diri dengan tiga jari. Kekaisaran menyebut mereka Raskolniki ("Pembelah") dan menganiaya mereka tanpa henti.
Banyak Old Believers percaya bahwa akhir dunia sudah dekat. Jika mereka mengetahui bahwa mereka telah ditemukan oleh tentara Rusia, seluruh penduduk desa akan berkumpul bersama, membakar gereja, lalu membakar diri mereka hidup-hidup.