Paman Newton yang mengetahui bakat Newton mengirimnya ke Universitas Cambridge pada usia 18 tahun. Newton muda sebagai mahasiswa, ia sama sekali tidak menonjol. Bahkan, dia pernah tidak lulus mata kuliah geometri. Akan tetapi ia sangat suka membaca buku-buku matematika, fisika, astronomi, filsafat dan alkitab.
Newton melanjutkan pendidikan di Trinity College, University of Cambridge. Niatnya menjadi pendeta. Lagi-lagi dia mengalami kesulitan hidup. Untuk membiayai kuliah, ia terpaksa melakoni berbagai pekerjaan hingga berjam-jam setiap hari, termasuk bekerja untuk professornya.
Di kampus ini Newton dapat keberuntungan, professornya seorang ahli matematika ternama, Isaac Barrow mengetahui bakat Newton. Di bawah bimbingannya, Newton berhasil menemukan ‘teori binomial’. Selain itu, Newton juga menyelesaikan elemen-elemen kalkulus diferensial, pelajaran tingkat tinggi dari matematika yang membahas integral dan diferensial.
Kuliah nya pun selesai pada tahun 1665, tak lama sebelum wabah ‘black death’ melanda kota London. Karena ini, semua universitas ditutup selama wabah merajalela. Ia pun kembali ke peternakan milik keluarga yang waktu itu diurus oleh adiknya.