Mengenal 6 Istilah Seputar Tes Corona

Bioinformatika adalah iImu atau metode dalam mengumpulkan dan menganalisis data biologi makhluk hidup yang bersifat kompleks seperti data DNA, RNA, dan protein dengan menggunakan pendekatan komputasi. 

Revata Utama, Co-Founder & CTO Nusantics, menyampaikan, “Sedangkan dalam proses pembuatan test-kit Virus Corona sendiri, bioinformatika digunakan untuk melakukan alignment terhadap sekuens-sekuens yang ada di Asia dari data yang di-upload di GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data) untuk pemilihan gene target. Nantinya, pemilihan gene target ini akan berlanjut pada pemilihan primer dan probe.”

“DNA sendiri merupakan singkatan dari Deoxyribo Nucleic Acid, asam penyusun gen makhluk hidup yang terdiri dari gugus gula, fosfat, dan basa nitogen adeninine (A), guanine (G), thymine (T), serta cytosine (C),” Revata melanjutkan.

Dalam kaitannya dengan virus, ia menambahkan bahwa asam nukleat yang terdiri dari DNA atau RNA (virus hanya memiliki salah satu dari keduanya) merupakan bagian paling vital dari virus. DNA atau RNA yang terdapat dalam virus dibungkus dengan sebuah selubung bernama capsid.

Sebagai contoh, virus dengan asam nukleat berwujud DNA adalah Tobacco mozaic virus (penyebab bercak-bercak pada daun tembakau) dan Papovavirus (penyebab kutil pada manusia).

Kepanjangan dari RNA adalah Ribonucleic Acid dan virus SARS-CoV-2 penyebab pandemi yang sedang kita hadapi ini memiliki RNA sebagai genome-nya. Virus dengan RNA dapat bermutasi sekitar 1 juta kali lebih cepat daripada virus dengan DNA. Kendati cepat bermutasi, virus ini tidak bisa memperbanyak diri tanpa bantuan sel inang. Dengan kata lain, semua komponen yang dibutuhkan untuk membelah diri diambil oleh virus tersebut dari sel inang yang mereka tempati dengan menyabotase molekul dan komponen sel inang.

Revata menjelaskan, “PCR adalah singkatan dari Polymerase Chain Reaction yang berarti sebuah proses amplifikasi atau perbanyakan DNA. Proses ini juga dapat mendeteksi urutan atau sekuens DNA/ RNA tertentu melalui siklus termal.”

Metode PCR ini dapat meningkatkan jumlah urutan DNA (hanya DNA, RNA tidak termasuk) ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula. Yang menjadi fokus utama dalam pengeksekusian PCR adalah cara untuk memaksimalkan amplifikasi pada urutan DNA target dan meminimalkan amplifikasi urutan untuk DNA non-target. PCR telah banyak digunakan seiring dengan berkembangnya biologi molekuler. PCR ini dapat digunakan untuk mengidentifikasi penyakit genetik, infeksi oleh virus, diagnosis dini penyakit seperti AIDS, misalnya.

Quantitative Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR) merupakan proses PCR dengan adanya step tambahan, yaitu perubahan RNA menjadi DNA. Seperti yang telah dijelaskan pada poin nomor 4, metode PCR hanya dapat meningkatkan jumlah urutan DNA. Berhubung Virus Corona adalah virus yang hanya memiliki rangkaian RNA pada genome-nya, kita harus mengubah rangkaian RNA tersebut menjadi DNA dengan enzim transcription balik (reverse transcriptase).

Lalu, apakah signifikansi dari “quantitative” pada qRT-PCR? “Quantitative” tersebut mempertegas proses amplifikasi DNA dari sampel RNA secara kuantitatif pada waktu yang bersamaan saat reaksi sedang berlangsung.