Setelah berhenti melatih Barcelona, Pep Guardiola menjalani masa hiatus dari dunia sepak bola selama setahun. Ia akhirnya kembali ke kursi pelatih dengan menukangi Bayern Munich pada awal 2013/2014. Guardiola bertahan bersama raksasa Jerman itu selama 3 musim dan selalu mampu membawa mereka menjadi juara Bundesliga Jerman.
Saat masih melatih Bayern Munich, tepatnya pada 1 Februari 2016, sebuah kabar mengejutkan tersebar. Manchester City mengumumkan bahwa Guardiola akan menjadi pelatih baru mereka mulai awal 2016/2017. The Cityzens bahkan menyatakan bahwa mereka sudah bernegosiasi dengan Guardiola mulai 2012.
Pada 13 Agustus 2016, Guardiola pun menjalani debutnya sebagai pelatih Manchester City. Ia berhasil membawa mereka menang atas Sunderland dengan skor 2-1. Guardiola mampu membuat Manchester City meraih kemenangan dalam sepuluh pertandingan pertamanya di seluruh kompetisi.
Pada 2 Oktober 2016, Guardiola akhirnya merasakan kekalahan pertamanya sebagai pelatih Manchester City. Mereka kalah dari Tottenham Hotspur di EPL dengan skor 0-2. Hingga akhir musim, mereka menelan lima kekalahan tambahan. Hasilnya, Manchester City hanya bisa menempati posisi ketiga dengan 78 poin yang merupakan hasil dari 23 kemenangan dan 9 keimbangan.
Dengan begitu, untuk kali pertama dalam karier kepelatihannya, Guardiola berakhir di posisi ketiga. Setelah mendominasi LaLiga dan Bundesliga, ia akhirnya merasakan kerasnya persaingan di EPL. Guardiola pun mendapat sambutan yang cukup memalukan pada musim perdananya ini.
Hebatnya, pada musim berikutnya (2017/2018), Guardiola membalas 'penghinaan' tersebut dengan sangat berkelas. Pria yang lahir pada 18 Januari 1971 ini mampu membawa Manchester City menjadi juara EPL dengan raihan 100 poin. Mereka sahih menjadi tim pertama dan satu-satunya hingga saat ini yang mampu mencapai angka tersebut di EPL.