Sergio Conceicao akhirnya memutuskan pensiun pada 2010. Tim terakhirnya adalah PAOK Thessaloniki asal Yunani. Di sana ia mencatatkan 6 gol dan 10 assist dari 47 laga di semua ajang.
Setelah gantung sepatu, pria asal Portugal ini tidak meninggalkan dunia sepak bola. Dia langsung melanjutkan kariernya di PAOK Thessaloniki sebagai direktur olahraga. Bahkan, ini sudah dilakukannya menjelang pensiun, tepatnya sejak 2009. Langkah ini menjadi pijakan awal dalam perjalanan kariernya di dunia kepelatihan.
Perjalanan karier kepelatihannya sendiri dimulai dengan menjadi asisten pelatih di Standard Liege (2010–2011). Dari sana, ia terus berkembang dan berhasil menukangi beberapa Tim, Olhanense (2012–2013), Coimbra (2013–2014), SC Braga (2014–2015), Vitoria Guimaraes (2015–2016), FC Nantes (2016–2017), hingga mencapai puncaknya bersama FC Porto (2017–2024). Kesuksesan tersebut membuka jalan baginya untuk menukangi AC Milan pada 2024/2025.
Jauh sebelum mendarat di San Siro, Conceicao sendiri ternyata hampir melatih rival sekota AC Milan, yakni Inter Milan. Kejadiannya terjadi pada 2021. Inter Milan saat itu harus rela berpisah dengan Antonio Conte. Sementara itu, kebetulan kontrak Sergio Conceicao dengan FC Porto juga akan berakhir. Oleh karena itu, Conceicao sempat disebut-sebut sebagai salah satu kandidat kuat untuk menggantikan Conte. Bahkan, pria yang kini berusia 50 tahun itu dikabarkan menawarkan diri untuk melatih Nerazzurri. Namun, Inter Milan akhirnya lebih memilih Simone Inzaghi ketimbang Sergio Conceicao.