Setelah menjadi pencetak gol termuda di Premier League, James Vaughan mendapat satu kesempatan tambahan untuk bermain bersama skuad utama Everton sebelum 2004/2005 berakhir. Sayangnya, sepanjang 2005/2006, ia hanya bermain sekali selama 13 menit. Kondisi membaik pada 2005/2006. Vaughan beraksi hingga 16 kali di semua kompetisi dan mencetak 4 gol. Namun, ia tidak pernah benar-benar menerima kepercayaan yang nyata. Setelah menjadi pinjaman di Derby County, Leicester City, dan Crystal Palace, Vaughan akhirnya memilih hengkang permanen dari Everton dengan bergabung bersama Norwich City pada musim panas 2011. Vaughan meninggalkan Everton dengan catatan 61 penampilan dan 9 gol.
Ironisnya, Vaughan juga tidak bisa mencuri satu tempat utama di Norwich. Ia hanya bermain 6 kali selama 177 menit sebelum Norwich meminjamkannya kepada Huddersfield Town pada awal 2012/2013 dan menjualnya semusim kemudian. Vaughan mulai bermain secara rutin di Huddersfield. Namun, ia tidak pernah lagi merasakan kompetisi teratas. Vaughan akhirnya memilih pensiun pada 2021. Saat itu, ia berusia 32 tahun dan membela Tranmere Rovers di kasta keempat. Cedera menjadi alasan Vaughan memutuskan gantung sepatu dalam usia yang relatif muda. Selain klub-klub yang sudah disebutkan, Vaughan juga pernah mengenakan seragam Birmingham City, Bury, Sunderland, Wigan Athletic, Portsmouth, dan Bradford.