Eder Sarabia memulai kariernya sebagai pelatih dengan menukangi tim junior Danok Bat CF pada 2005. Saat itu, ia masih berusia 24 tahun. Sarabia memang memilih pensiun dini sebagai pemain karena merasa tidak akan bisa sukses. Salah satu indikasinya, ia tidak pernah bermain di atas kasta ketiga. Setelah bertahan di Danok Bat CF selama 6 tahun, Sarabia melanjutkan kiprahnya dengan melatih Villarreal. Namun, ia tetap melatih di level akademi. Di sini, Sarabia bekerja sampai 2013.
Setelah 2 tahun menganggur, Sarabia akhirnya mulai melatih di level senior pada 2015. Namun, ia hanya bertindak sebagai asisten. Sarabia bersedia untuk membantu Quique Setien yang ditunjuk sebagai pelatih Las Palmas. Sarabia memang sudah mengenal Setien sejak dirinya masih berusia 8 tahun. Sebabnya, Setien merupakan rekan setim sang ayah, Manu Sarabia, ketika aktif bermain.
Sarabia dan Setien memimpin Las Palmas hingga 2017. Setelah itu, Sarabia kembali menjadi asisten Setien di Real Betis sampai 2019. Pada awal 2020, Barcelona menunjuk Setien sebagai pelatih baru. Setien pun lagi-lagi meminta Sarabia untuk menjadi tangan kanannya. Sayangnya, mereka hanya bertahan selama 8 bulan.