Akibat situasi pelik tersebut, Jerome Boateng pun tidak ragu untuk menerima tawaran dari Bayern Munich pada awal 2011/2012. Die Bayern membelinya dengan harga sekitar 13,5 juta euro (Rp234 miliar). Sejak saat itu, Boateng pun memulai masa kejayaannya. Ia meraih 25 trofi dan membuat 363 penampilan, 10 gol, serta 25 assist sampai meninggalkan mereka pada 2021.
Andai lebih bersabar, Boateng mungkin saja mencicipi kesuksesan yang sama di Manchester City. Namun, ada salah satu alasan yang membuatnya begitu menolak untuk bertahan. Ia enggan untuk bermain sebagai bek kanan. Dari 24 penampilannya dengan seragam Manchester City, 16 di antaranya memang dilalui di posisi tersebut.
Ketika resmi diperkenalkan sebagai pemain Bayern Munich, Boateng bahkan ikut menyinggung topik ini. Ia memilih untuk bergabung dengan Bayern Munich karena mereka yang memang memproyeksikannya sebagai bek tengah. Bagi Boateng, isu tersebut menjadi sangat penting karena dirinya yang juga ingin menjadi bek tengah andalan Timnas Jerman.
Keputusan Jerome Boateng untuk meninggalkan Manchester City demi bisa lebih sering bermain sebagai bek tengah terbukti tepat. Ia pensiun sebagai salah satu pemain terbaik di posisi ini dalam sejarah sepak bola. Tidak hanya di Bayern Munich, Boateng juga berhasil melakukannya bersama Timnas Jerman yang berujung dengan 76 caps serta gelar juara Piala Dunia 2014.