Isu keamanan selalu menjadi sorotan utama saat membahas Telegram vs WhatsApp. WhatsApp menggunakan enkripsi end-to-end secara default untuk semua percakapan. Artinya hanya pengirim dan penerima yang bisa membaca isi pesan di WhatsApp.
Pihak WhatsApp sendiri mengklaim tidak bisa mengakses data pengguna. Namun, ada kekhawatiran terkait kepemilikan WhatsApp oleh Meta (Facebook) yang kerap dikritik soal kebijakan privasi.
Berbeda dengan WhatsApp, Telegram menggunakan enkripsi client-server untuk percakapan biasa. Sementara enkripsi end-to-end hanya tersedia pada fitur Secret Chat. Artinya, tidak semua obrolan di Telegram terlindungi maksimal. Namun, Telegram menekankan bahwa data pengguna disimpan secara terdesentralisasi di berbagai server global untuk mengurangi risiko kebocoran data.
Kekurangan Telegram di aspek ini adalah tidak semua chat terenkripsi end-to-end secara default. Namun, Telegram unggul karena menawarkan lebih banyak kontrol privasi, seperti menyembunyikan nomor telepon dari orang asing, mengatur timer hapus otomatis pesan, hingga fitur anonim di grup publik.
Melansir PCMag, WhatsApp tetap lebih unggul dalam standar enkripsi dasar, tetapi Telegram memberi keleluasaan lebih dalam pengaturan privasi. Dengan kata lain, pengguna yang mengutamakan kenyamanan mungkin lebih percaya pada WhatsApp. Sementara mereka yang ingin privasi ekstra akan memilih Telegram.