Pada pukul 07.05 WIB pesawat berangkat dari Kendari menuju Jakarta. Setelah lampu tanda ikat pinggang dilepas, semua prosedur pemeriksaan kabin dilakukan dan layanan makanan ringan mulai diberikan ke penumpang.
Pada pukul 08.37 WIB, pesawat mencapai ketinggian jelajah 36.000 kaki. Setelah mempertahankan ketinggian jelajah, kedua pilot melepas headset mereka. Berdasarkan keterangan KNKT, insiden dua pilot tertidur terjadi setelah pesawat Airbus A320 (PK-LUV) yang dikemudikan mereka melewati kondisi cuaca buruk.
Sebelumnya, pada pukul 08.24 WIB, co-pilot (Second in Command/SIC) meminta kepada Area Control Center (ACC) Makassar untuk terbang dengan arah 275° untuk menghindari kondisi cuaca buruk dan disetujui oleh ACC Makassar. Lalu pukul 08.29 WIB, SIC berkomunikasi dengan pramugari melalui interfon menanyakan kondisi penumpang, karena dia merasa pesawat mengalami turbulensi ringan. Pramugari menjawab bahwa penumpang baik-baik saja.
Pada pukul 08.56 WIB atau 12 menit setelah rekaman transmisi terakhir dari SIC, ACC Jakarta menanyakan ke pilot BTK6723 berapa lama pesawat harus terbang pada arah saat ini (250°). Namun tidak ada balasan dari pilot.
Karena tidak ada respons, pada pukul 08.57 WIB, ACC Jakarta menelepon ke pesawat BTK6723 dan tidak ada respons dari pilot.
ACC Jakarta terus berusaha menghubungi pilot, termasuk meminta pilot lain untuk memanggil BTK6723. Namun tidak ada satu pun panggilan yang ditanggapi oleh kedua pilot tersebut.
"Pada pukul 02.11 (09.11 WIB) atau 28 menit setelah transmisi terakhir yang direkam dari SIC, kapten pilot terbangun dan sadar bahwa pesawat tidak berada pada jalur penerbangan yang benar. Kapten kemudian melihat SIC tertidur dan membangunkannya," tulis KNKT.
Pada waktu yang hampir bersamaan setelah terbangun, kapten pilot menanggapi panggilan dari pilot lain dan ACC Jakarta. Sang kapten memberi tahu ACC Jakarta bahwa BTK6723 mengalami masalah komunikasi radio dan saat ini masalah tersebut telah teratasi. Penerbangan kemudian dilanjutkan.
Pesawat pun mendarat di Jakarta dengan aman. Tidak ada penumpang maupun kru pesawat yang terluka dalam kejadian ini dan tidak ada kerusakan pada pesawat.