Jamur enoki bisa menjadi media ideal bagi sejumlah mikroorganisme berbahaya.
Dalam beberapa tahun terakhir, berbagai laporan ilmiah dan lembaga keamanan pangan dunia mencatat bahwa jamur ini kerap terkontaminasi oleh Listeria monocytogenes, bakteri yang mampu bertahan di suhu dingin dan bahkan memicu wabah penyakit hingga penarikan produk skala besar.
Di laboratorium, mikroba ini terbukti dapat berkembang selama proses budidaya atau penyimpanan, terutama jika kebersihan lingkungan tidak terjaga dengan baik.
Ada juga potensi kontaminasi Bacillus cereus. Sebuah studi mikrobiologi pada jamur konsumsi menunjukkan bahwa B. cereus bisa ditemukan pada jamur seperti jamur kancing putih, dengan analisis kontaminasi dan jumlah bakteri.
Studi lain menunjukkan bahwa dalam makanan nabati (termasuk jamur liar) B. cereus bisa ditemukan dengan frekuensi tertentu. Misalnya, survei di China menemukan sekitar 31 persen sampel jamur liar positif untuk B. cereus dalam kategori makanan nabati.
Selain itu, beberapa studi terhadap jamur segar (jenis lain seperti shiitake, tiram) melaporkan keberadaan coliform atau Escherichia coli. Temuan ini menandakan potensi kontaminasi fekal atau kebersihan yang kurang selama penanganan/pemasaran, meskipun tidak selalu terdeteksi pada semua studi enoki secara khusus.
Salmonella juga pernah dikaitkan dengan jamur enoki, tetapi tidak sesering Listeria, yang jauh lebih sering jadi penyebab wabah besar. Namun, ada potensi kontaminasi Salmonella pada enoki karena proses produksinya, terutama jika kebersihan lingkungan, air, atau bahan media tanam tidak terjaga.
Salmonella lebih dikategorikan sebagai risiko potensial kontaminasi silang, bukan mikroorganisme khas yang secara alami tumbuh pada enoki.
Sementara itu, ragi dan kapang menjadi penyebab utama pembusukan jamur enoki, terutama jika produk disimpan terlalu lama atau dalam kemasan yang lembap.
Pesan pentingnya, pengendalian mutu pada setiap tahap produksi menjadi kunci untuk menjaga keamanan pangan.