ilustrasi anak dengan sindrom Pitt-Hopkins (commons.wikimedia.org/Taddeucci, G., Bonuccelli, A., Mantellassi, I. et al.)
Diagnosis PTHS sering kali tumpang tindih dengan beberapa gangguan perkembangan saraf lainnya, seperti sindrom Angelman, sindrom Rett, dan sindrom Mowat-Wilson.
Sindrom Angelman adalah gangguan perkembangan saraf yang memiliki gejala paling mirip dengan PTHS. Namun, PTHS dikaitkan dengan fitur wajah berbeda yang tidak ditemukan pada sindrom Angelman, termasuk penyempitan bitemporal, jembatan hidung lebar dan lubang hidung melebar, dan mulut besar dengan bibir atas berbentuk M yang menonjol, mengutip laman Cambridge University Press.
Sindrom Rett sering kali juga dikaitkan dengan PTHS. Namun, sindrom Rett biasanya muncul sebagai ensefalopati progresif, dengan kemunduran bahasa dan keterampilan motorik yang diperoleh sebelumnya, yang mana ini bukanlah ciri khas dari PTHS.
Sementara itu, sindrom Mowat-Wilson juga memiliki gejala yang serupa dengan PTHS dalam hal sembelit parah. Namun, sindrom ini menyebabkan malformasi mayor yang tidak ditemukan pada PTHS, termasuk kelainan jantung, kelainan genitourinari, serta adanya pola khas anomali wajah (yaitu konfigurasi cuping telinga yang terangkat, hipertelorisme, dan lengkung rahang bawah linier).
Diagnosis PTHS biasanya bergantung pada riwayat kesehatan yang terperinci, pemeriksaan klinis yang menyeluruh, dan identifikasi gejala khas. Selain itu, pengujian genetik molekular mungkin juga diperlukan untuk mengonfirmasi hasil temuan.