Edwin mengawali debut penyutradaraan dengan menggarap film pendek pada 2003. Ia kemudian menjadi asisten sutradara Riri Riza lewat film Gie (2005). Nama Edwin mulai banyak dikenal kala film pendeknya yang berjudul Kara, Anak Sebatang Pohon (2005) jadi film pendek Indonesia pertama yang berhasil menembus ajang Festival Film Cannes dalam sesi Director's Fortnight.
Setelah itu, pada 2008, film panjang pertama Edwin, Babi Buta yang Ingin Terbang, menerima FIPRESCI Prize di International Film Festival Rotterdam 2009. Sejak saat itu, Edwin semakin diperhitungkan sebagai sutradara terbaik tanah air.
Pada 2024, sutradara kelahiran 1978 ini kembali hadir dengan film terbarunya yang berjudul Kabut Berduri. Filmnya langganan raih penghargaan, berikut lima film Indonesia terbaik karya Edwin.