Selain memiliki lapangan terbang yang cukup banyak, Kabupaten Paniai juga memiliki kekayaan alam yang cukup luas. Tanaman pangan, salah satunya. Tanaman pangan menjadi sumber perekonomian utama di Kabupaten Paniai, seperti ubi jalar, ubi kayu, kacang tanah, kacang hijau, dan sayuran.
Tidak hanya itu, di Kabupaten Paniai, kehutanan juga merupakan salah satu sub sektor yang memberikan sumbangan cukup besar terhadap Produk Domestik Regional Bruto (PDRB) Kabupaten Paniai. Potensi hutan yang ada di Kabupaten Paniai adalah seluas 1.254.441 ha. Beberapa hutan yang ada di dalam wilayah Kabupaten Paniai, yaitu hutan lindung, hutan Perlindungan dan Pengawetan Alam (PPA), hutan produksi konsevasi, hutan produksi terbatas, hutan produksi tetap, dan lainnya. Hutan di Kabupaten Paniai merupakan hutan tropis.
Kabupaten Paniai memiliki hutan lindung seluas 5.798,58 ha yang tersebar diseluruh distrik. Sedangkan untuk hutan PPA, terletak dibagian timur Distrik Bibida seluas 241,17 ha. Hutan lindung di kabupaten ini, memiliki proporsi luas yang paling banyak, yakni sekitar 53,68 persen dari luas total kabupaten, atau sekitar 9.719,35 ha.
Dengan kekayaan alam yang mereka miliki, Kabupaten Paniai juga menawarkan tempat wisata bertemakan alam. Mulai dari objek wisata Danau Paniai, Danau Tigi, Danau Tage. Bukan hanya itu, keindahan flora dan faunanya juga ditawarkan untuk menarik para wisatawan lokal dan macanegara, seperti Cagar Alam Lorenzt.
Selain itu, penduduk lokal juga masih memanfaatkan sektor pertambangan sebagai roda perekonomian mereka. Usaha pertambangan masih dilakukan secara tradisional oleh penduduk setempat. Potensi pertambangan di Kabupaten Paniai memiliki prospek yang cukup baik, walau belum signifikan, namun sektor ini sudah berkontribusi sebesar 0,47 persen dalam pembentukan PRDB Kabupaten Paniai.
Beberapa yang berpotensi dalam pertambangan, yaitu batubara di Distrik Paniai Barat dan Siriwo. Emas berada di Distrik Sugapa, Agisiga, Homeyo, Aradide, Biandoga, Bogobaida, dan Pania Barat. Sedangkan besi di Puncak Cartenz, batu kapur di Distrik Paniai Timur, dan pasir kualin berada di Distrik Paniai Barat.