Dilansir Kemenag.go.id, Peraturan Pemerintah Nomor 33 Tahun 1949 dan Peraturan Pemerintah Nomor 8 Tahun 1950, serta Peraturan Menteri Agama Nomor 5 Tahun 1951 menetapkan kewajiban Kementerian Agama, yakni sebagai berikut:
1. Melaksanakan asas Ketuhanan Yang Maha Esa;
2. Menjaga bahwa tiap-tiap penduduk mempunyai kemerdekaan untuk memeluk agamanya masing-masing dan untuk beribadat menurut agamanya dan kepercayaannya;
3. Membimbing, menyokong, memelihara dan mengembangkan aliran-aliran agama yang sehat;
4. Menyelenggarakan, memimpin dan mengawasi pendidikan agama di sekolah-sekolah negeri;
5. Memimpin, menyokong serta mengamat-amati pendidikan dan pengajaran di madrasah dan perguruan agama lain;
6. Mengadakan pendidikan bagi guru dan hakim agama;
7. Menyelenggarakan segala sesuatu yang bersangkutan dengan pengajaran rohani kepada anggota-anggota tentara, asrama-asrama, rumah-rumah penjara dan tempat-tempat lain yang dipandang perlu;
8. Mengatur, mengerjakan dan mengamat-amati segala hal yang bersangkutan dengan pencatatan pernikahan, rujuk dan talak orang Islam;
9. Memberikan bantuan materiil untuk perbaikan dan pemeliharaan tempat-tempat beribadat, seperti masjid, gereja, vihara, dan rumah ibadah lainnya;
10. Menyelenggarakan, mengurus dan mengawasi segala sesuatu yang bersangkutan dengan Pengadilan Agama dan Mahkamah Islam Tinggi;
11. Menyelidiki, menentukan, mendaftarkan dan mengawasi pemeliharaan wakaf-wakaf;
12. Mempertinggi kecerdasan umum dalam hidup bermasyarakat dan hidup beragama.