Sementara itu, sejak 2003, Israel telah mengizinkan pemukim Yahudi memasuki kompleks tersebut hampir setiap hari, kecuali hari Jumat dan Sabtu.
Bagi umat Islam, Al-Aqsa adalah situs suci ketiga bagi mereka, setelah Mekkah dan Madinah. Sementara umat Yahudi menyebut kompleks tersebut adalah Temple Mount, situs kuil Yahudi kuno yang dihormati. Selain Islam dan Yahudi, agama Kristen juga menganggap kompleks tersebut sebagai situs suci mereka.
Status quo yang selama ini digaungkan mengatur agar hanya umat Islam yang boleh beribadah di Al-Aqsa. Untuk umat Yahudi, hanya boleh untuk berkunjung, bukan beribadah. Meski demikian, masih banyak umat Yahudi yang melanggar status quo tersebut. Hal ini menimbulkan bentrokan antara pasukan Israel dan warga Palestina.
Israel sendiri menduduki Yerusalem Timur, tempat di mana Al-Aqsa berdiri, selama perang Arab-Israel 1967. Israel lantas mencaplok keseluruhan kota dan belum ada penyelesaian hingga sekarang.