Cecak Jarilengkung Jawa atau Cyrtodactylus marmoratus merupakan spesies yang pertama yang telah dideskripsi oleh Gray (1831), berdasarkan spesimen yang dikoleksi Heinrich Kuhl dan Johan Conrad van Hasselt.
Saat ini, cecak jarilengkung itu tersimpan di Museum Naturalis, Belanda. Setelah 84 tahun berselang, de Rooij (1915) melaporkan keberadaan C. fumosus yang dideskripsi oleh Müller (1895), dan kemudian dikonfirmasi oleh Brongersma (1934).
Seiring perkembangan penelitian, beberapa spesies baru dari Jawa telah dideskripsi, antara lain C. semiadii (2014), C. petani (2015), C. klakahensis (2016), dan C. belanegara (2024). Namun, Mecke et al. (2016) menemukan bahwa populasi C. fumosus di Jawa sebenarnya merupakan variasi dari C. marmoratus. Riyanto et al. (2020) juga mensinonimkan C. klakahensis sebagai C. petani berdasarkan taksonomi integratif.
Secara filogenetik, C. pecelmadiun berkerabat dekat dengan C. petani, dengan jarak genetik 0,1–1,6 persen. Spesies ini menjadi bukti kedua keberadaan grup darmandvillei di Jawa setelah C. petani, grup ini melimpah di kawasan Sunda Kecil.
Secara keseluruhan, Cyrtodactylus di Jawa terbagi dalam dua kelompok besar, yaitu grup darmandvillei dan marmoratus, yang keduanya merupakan kompleks spesies. Kondisi ini semakin mendorong eksplorasi lebih lanjut untuk mengungkap keragaman tersembunyi (hidden diversity) dari Cyrtodactylus di Jawa.