Perhatian internasional terhadap Nakata dimulai ketika kejuaraan U-16 yang diselenggarakan oleh FIFA pada 1993. Saat itu usianya baru 16 tahun. Penampilannya memukau hingga ia dipanggil kembali untuk membela Jepang pada kejuaran U-20 FIFA dua tahun kemudian.
Juventus pun memberi kesempatan untuk trial. Meski tak berjalan baik, ia tampil mengesankan lagi saat Olimpiade 1996 di Atlanta, Amerika Serikat, ketika Jepang mengandaskan mimpi Brasil yang skuatnya terdiri dari Roberto Carlos dan Ronaldo.
Usai mengikuti Piala Dunia pertama kali pada 1998, karir Nakata kian menjanjikan. Klub Serie A, Perugia, menginginkan jasanya. Lalu, dimulailah petualangan Nakata di benua biru. Ia pindah ke AS Roma pada 2000 dan memenangkan Scudetto.
Setahun kemudian, Nakata hijrah ke Parma. Salah satu momen krusialnya di Parma adalah ketika ia mencetak satu gol yang membuat timnya mengalahkan Juventus dan memenangkan Coppa Italia pada 2002.
Seperti sebelumnya, Nakata tak bisa bertahan lama di sebuah klub. Dalam kurun waktu satu tahun ia bermain untuk dua klub berbeda: Bologna dan Fiorentina. Kemudian, pada 2005, ia menyudahi petualangan di Italia untuk pindah ke Bolton Wanderers di Inggris.
Selama berada di Italia dan Inggris, Nakata mencetak 32 gol dalam 262 penampilan di semua kompetisi. Ia turut membela Jepang di Piala Dunia 2002 dan 2006. Di timnas, Nakata tampil sebanyak 77 kali dan mengantongi 11 gol. Usai Piala Dunia di tanah sendiri, ia resmi mengakhiri karirnya sebagai pesepak bola profesional.