Pep Guardiola melanjutkan karier kepelatihannya ketika menerim tawaran menangani Manchester City pada musim panas 2016. Ia diharapkan mampu membawa Manchester City mendominasi Premier League dan mewujudkan ambisi menjuarai Liga Champions. Namun, perjalanan Guardiola bersama Manchester City tidak selalu mulus. Awalnya, gaya permainan penguasaan bola dengan mengandalkan operan cepat dari kaki ke kaki tidak efektif sehingga Manchester City hanya mampu finis di peringkat ketiga klasemen akhir EPL 2016/2017. Filosofi Guardiola baru menuai hasil ketika Manchester City meraih gelar juara EPL dengan meraih 100 poin pada 2017/2018.
Ia butuh 7 tahun untuk mewujudkan mimpi Manchester City menjuarai UCL. Hebatnya lagi, Guardiola mengantarkan The Citizens meraih treble winner pada 2022/2023. Selain itu, Manchester City berhasil mendominasi EPL dengan meraih gelar juara dalam 4 musim beruntun pada 2020/2021--2023/2024.
Prestasinya sempat menurun ketika Manchester City tampil inkonsisten dan hanya bisa finis di peringkat ketiga klasemen akhir EPL 2024/2025. Meski sempat tampil inkonsisten, Guardiola perlahan mengangkat performa Manchester City dan bersaing di papan atas EPL dan UCL. Terbukti, The Citizens kini menduduki peringkat kedua klasemen sementara EPL dengan raihan 22 poin dalam 11 pertandingan per pekan kesebelas 2025/2026.
Lebih spesial lagi, Guardiola mencapai seribu penampilan dalam karier kepelatihannya dengan membawa Manchester City menang 3-0 atas Liverpool pada pekan kesebelas EPL 2025/2026. Guardiola telah memainkan 550 pertandingan dengan catatan 338 kemenangan, 79 berimbang, dan 83 kekalahan per 10 November 2025. Ia diprediksi bakal menciptakan rekor-rekor lainnya bersama Manchester City mengingat kontraknya baru habis pada Juni 2027.
Secara keseluruhan, Pep Guardiola telah memimpin dalam 1.000 penampilan dengan catatan 716 kemenangan, 156 berimbang, dan 128 kekalahan sepanjang kariernya sebagai manajer. Ia tidak hanya membawa timnya menjuarai kompetisi bergengsi, tetapi menciptakan generasi baru. Misalnya, Guardiola mengorbitkan para jebolan akademi Manchester City, seperti Phil Foden, Rico Lewis, dan Nico O'Reilly. Ia juga pertama kali yang mengubah peran kiper menjadi sweeper-keeper saat melatih Manuel Neuer di Bayern Muenchen. Tidak heran, ia mendapat respek dari sejumlah pelatih top lainnya, seperti Juergen Klopp, Carlo Ancelotti, dan Fabio Capello.