Atalanta takluk 0-2 dari Borussia Dortmund pada leg pertama play-off Liga Champions 2025/2026 yang digelar di Westfalenstadion. Dua gol Dortmund masing-masing dicetak Serhou Guirassy dan Maximilian Beier. Kekalahan tersebut membuat tugas Atalanta cukup berat ketika gantian jadi tuan rumah pada leg kedua.
Atalanta yang butuh kemenangan mampu unggul 2-0 pada babak pertama melalui Gianluca Scamacca dan Davide Zappacosta. Mario Pasalic memperlebar keunggulan pada menit ke-57. Agregat kembali sama setelah Karim Adeyemi mencetak gol pada menit ke-75.
Pada injury time babak kedua, Atalanta mendapat hadiah penalti setelah kaki Ramy Bensebaini mengenai kepala Nikola Krstovic di kotak terlarang. Lazar Samardzic yang maju sebagai eksekutor sukses menjalankan tugasnya dengan baik. Kemenangan 4-1 membuat Atalanta lolos ke 16 besar dengan agregat 4-3.
Kemenangan tersebut membuat Atalanta membalas kekalahan atas Dortmund pada 32 besar Liga Europa 2017/2018. Atalanta bermain imbang 1-1 pada leg pertama. Namun, mereka kemudian kalah 2-3 pada leg kedua.
Atalanta menjadi satu-satunya wakil Serie A yang lolos ke 16 besar. Napoli gagal lolos fase liga, sementara Inter Milan dan Juventus terhenti pada pla-yoff. Atalanta akan menghadapi Arsenal atau Bayern Munich pada 16 besar.
Tiga tim di atas berhasil dipulangkan Atalanta pada fase gugur kompetisi Eropa. Bayer Leverkusen bahkan dipermalukan pada partai final dengan skor mencolok.