Sejak musim pertama dirilis pada 2011 lalu, Boboiboy dan kawan-kawan sudah banyak menghadapi musuh yang seringkali membahayakan nyawa mereka.
Selama ini, Boboiboy memang hampir selalu memenangi pertarungan. Namun, ada beberapa momen kala ia kewalahan menghadapi musuh-musuh kuat bahkan hampir dikalahkan. Ini dia episode-episode di mana Boboiboy nyaris dikalahkan musuhnya.
Pada episode ending musim pertama ini, Boboiboy dan kawan-kawan harus menghadapi pertarungan pamungkas melawan Adu Du dan Probe. Adu Du telah mengembangkan robot baru. Tak disangka kekuatannya sulit disamai oleh Boboiboy yang bahkan sudah mengerahkan tiga elemen sekaligus.
Akhirnya, Boboiboy berhasil mengeluarkan elemen baru yaitu Gempa yang kemudian bisa menandingi kekuatan dari robot Adu Du. Dengan kerja sama Boboiboy Gempa, Halilintar dan Topan, mereka berhasil mengalahkan Adu Du.
Ending musim lagi-lagi menjadi ujian berat bagi Boboiboy. Sejak kemunculan Ejo Jo di musim kedua, Boboiboy sebenarnya sudah tampak kesulitan menghadapi musuh yang lebih kuat daripada Adu Du tersebut.
Pada episode 12 dan 13 Season 2, Ejo Jo berhasil mengatasi perlawanan tim Boboiboy serta Adu Du-Probe. Beruntungnya Fang mengeluarkan kekuatan Naga Bayang, yang kemudian berhasil menghancurkan Ejo Jo dan robotnya dengan cara memakannya.
Adu Du yang kembali jahat melakukan tipuan dengan membuat Boboibot, replika robot mirip Boboiboy. Adu Du menggunakan robot itu untuk membuat fitnah kepada warga Pulau Rintis bahwa Boboiboy adalah pelaku pembakaran.
Boboiboy cukup kewalahan menandingi Boboibot, yang bisa mengeluarkan semua kekuatan elemen Boboiboy dengan versi yang lebih kuat. Pada ending pertarungan ini, Adu Du memberikan belas kasih kepada Boboiboy, dengan memerintahkan si robot untuk tidak menyerangnya lagi.
Musuh kuat Boboiboy selanjutnya jatuh kepada Kapten Vargoba. Ia menjadi villain di ending Boboiboy Galaxy Season 1. Untuk melawan Vargoba, Boboiboy harus dibantu oleh beberapa elemen tingkat 2 serta Captain Kaizo.
Setelah tim Boboiboy di ujung tanduk, beruntung Boboiboy Solar mengambil alih pertarungan dan melancarkan serangan telak bernama Tembakan Solar Gerhana Berganda.
Tembakan ini berhasil menghancurkan perisai Vargoba dan mengalahkannya. Nyaris terluntang-lantung di luar angkasa, Boboiboy akhirnya diselamatkan oleh Captain Kaizo.
Mendapat kekuatan fusion baru, Gentar, ternyata tak serta merta membuat Boboiboy bisa dengan mudah mengalahkan musuh. Pada finale Boboiboy Galaxy Gentar, Boboiboy dan Ochobot nyaris saja dikalahkan oleh Rosaksa.
Rosaksa berhasil menyandera Ochobot dan menyerap energinya. Sementara itu, Boboiboy Gentar juga berhasil dibuat tak berdaya oleh Rosaksa. Berkat bantuan Gopal, Adu Du dan Probe, Boboiboy Gentar berhasil mendapatkan kekuatannya kembali, menyelamatkan Ochobot dan mengalahkan Rosaksa dengan kekuatan Hentakan Tukul Gentar.