Mr. Plankton menceritakan tentang Hae Jo (Woo Do Hwan) yang hidup sesuai keinginan, namun penyakit yang tiba-tiba muncul di otaknya membuatnya ingin mencari ayah kandungnya. Di masa lalu, ia pernah menjalin hubungan dengan wanita bernama Jo Jae Mi (Lee Yoo Mi). Dalam misi mencari ayah kandungnya, ia mengajak mantan pacarnya itu mengembara ke beberapa wilayah.
Tidak berjalan mulus, selama pencarian ayah kandungnya Hae Jo harus menghadapi penyakitnya dan beberapa rintangan tidak terduga. Namun, bersama Jo Jae Mi membuat perjalanannya terasa seru. Berikut ini beberapa persamaan antara Hae Jo dan Jo Jae Mi di drama Mr. Plankton.