My Dearest dibuka dengan peristiwa sejarah invasi Dinasti Qing ke Dinasti Joseon pada tahun 1636. Invasi ini menimbulkan banyak rakyat Joseon terbunuh secara sia-sia di tangan pasukan asing. Bahkan di drakor ini digambarkan bahwa para cendekiawan ikut berjuang demi keselamatan Joseon.
Nam Yeon Jun (Lee Hak Joo) merupakan salah satu cendekiawan dari Neunggun-ri. Ia secara sukarela bergabung sebagai tentara sukarela. Meski tak pandai bertarung, Nam Yeon Jun kukuh untuk ikut berperang demi menyelamatkan raja Joseon, yaitu Raja Injo (Kim Jong Tae). Kira-kira kenapa, ya?