Tak hanya menghadirkan beragam misteri, Undercover High School juga mengusung genre romance dari dua karakter utamanya. Mereka adalah Jung Hae Seong (Seo Kang Joon) dan Oh Soo A (Jin Ki Joo). Hubungan mereka berdua sudah ada kemajuan lantaran Oh Soo A tampaknya mulai menyukai Jung Hae Seong.
Hal menarik dari kisah mereka adalah fakta munculnya teori benang merah. Seolah telah ditakdirkan untuk selalu bersama, Jung Hae Seong dan Oh Soo A beberapa kali dipertemukan oleh takdir. Beberapa hal berikut ini menjadi bukti bahwa ada benang merah yang selalu menghubungkan Jung Hae Seong dan Oh Soo A di drakor Undercover High School.