Siapa sangka Jeong Hae Seong (Seo Kang Joon) yang merupakan seorang agen NIS dengan predikat yang baik dulunya adalah seorang mantan korban perundungan. Bahkan, ia sampai berhenti sekolah karena perundungan yang terjadi padanya.
Saat menyamar jadi murid SMA untuk jalankan misi, ia bertemu dengan Lee Dong Min (Jung Han Shing), murid SMA Byeongmun yang jadi teman sebangkunya. Keduanya akhirnya menjadi teman akrab setelah mengalami beberapa peristiwa di sekolah.
Banyaknya kesamaan di antara mereka membuat Jeong Hae Seong teringat akan dirinya di masa lalu dan bersimpati padanya. Berikut adalah tujuh kesamaan antara Jeong Hae Seong dan Lee Dong Min di Undercover High School.