Family by Choice menyoroti kisah sebuah keluarga yang tak memiliki hubungan darah, tetapi saling menyayangi. Dua di antara anggota keluarga tersebut adalah Kim San Ha (Hwang In Yeop) dan Kang Hae Joon (Bae Hyun Sung). Mereka adalah dua anak lelaki yang telah dianggap keluarga oleh Yoon Jung Jae (Choi Won Young).
Sebelum bertemu dan menjadi keluarga, Kim San Ha dan Kang Hae Joon sama-sama menjalani kehidupan memilukan. Meski sekilas kehidupan mereka terlihat sama, tetapi beberapa hal sebenarnya berbeda. Perbedaan nasib mereka berdua juga terkadang menjadi pemicu pertengkaran kecil di antara mereka. Beberapa perbedaan nasib Kim San Ha dan Kang Hae Joon di Family by Choice dapat dilihat melalui beberapa hal berikut.