Di A Shop for Killers 2, Jeong Jin Man (Lee Dong Wook), Jeong Ji An (Kim Hye Jun), dan tim Murthehelp kembali harus melawan Babylon. Namun, bukan hanya pertarungan fisik, kedua pihak ini juga saling beradu taktik.
Baik Murthehelp maupun Babylon akhirnya menyusupkan mata-mata yang berperan sebagai kuda troya yang menipu dan menghancurkan. Siapa saja karakter yang berperan jadi kuda troya di A Shop for Killers 2?
Pasin (Kim Min) satu-satunya karakter dalam daftar ini yang terpaksa menjadi agen ganda. Alasannya karena di episode 6, anak Pasin yang bernama Atti diculik dan ditahan oleh pasukan Babylon. Pasin juga disiksa sebelum akhirnya dilepas untuk menyusup ke Murthehelp.
Kusanagi Jin (Jung Yun Ha) menyimpan alat perekam suara di bekas luka tembak Pasin dan memberikan kalung yang bisa merekam struktur rubanah markas Murthehelp. Pasin juga diperintah untuk membunuh anggota Murthehelp dan membuka akses agar tentara Babylon bisa masuk.
Meski sempat berkhianat, Pasin akhirnya kembali membantu Murthehelp setelah Jeong Jin Man menyelamatkan Atti. Bahkan sebelum itu, Pasin sebetulnya tidak tega mengkhianati rekan-rekannya. Karena itu, Pasin yang merupakan pembunuh terlatih hanya menyerang anggota Murthehelp di bagian yang tidak vital.
Jeong Jin Man diketahui menyusupkan seseorang sebagai mole atau mata-mata ke markas Babylon. Pendiri Murthehelp itu rutin menerima email rahasia dari mata-mata berkode ungu tersebut yang berisi informasi penting. Dari info ini, Jeong Ji An akhirnya tahu tentang pengkhianatan Pasin.
Ada beberapa karakter yang diduga merupakan mata-mata Jeong Jin Man. Namun, di episode 7 terungkap ternyata ia adalah admin server baru yang direkrut Babylon. Mata-mata ini diperankan oleh rapper Punchnello. Berkat dirinya, rencana Jeong Ji An dan Jeong Jin Man mengambil alih Babylon serta mengalahkan Kusanagi Jin.
Di episode 8, Q (Hyunri) menangkap dan membawa Jeong Jin Man sesuai perintah dari Kusanagi Jin. Namun, ternyata ini hanya skenario dari rencana besar Jeong Ji An. Q memutuskan terlibat dalam rencana ini setelah tahu adiknya, J (Masaki Okada) tidak dibunuh oleh Jeong Jin Man. Bale (Jo Han Sun) yang membunuh J, tapi Kusanagi Jin menutupinya.
Setelah Kusanagi Jin memberi perintah untuk membunuh Jeong Ji An dan para kode merah, Q membebaskan Jeong Jin Man dari ruang tahanan. Q juga pura-pura memimpin misi, tapi kemudian pergi dari TKP bersama tiga anak buahnya yang tersisa. Mereka kembali ke Babylon Jepang dan membiarkan pasukan Babylon Korea tewas dalam ledakan.
Ketiga karakter di atas memegang andil seperti kuda troya yang menyusup dan menghancurkan pihak lawan. Ada yang melakukannya karena terpaksa, sukarela, dan ada juga didorong rasa dendam. Peran mereka sebagai mata-mata membawa konflik tak terduga dalam drakor A Shop for Killers 2.