Agent Kim Reactivated memusatkan kisahnya pada tokoh Manajer Kim (So Ji Sub) yang bekerja sebagai pegawai bank tabungan. Ia tampak seperti pria paruh biaya biasa yang membesarkan putri sendirian. Namun, di balik itu, ia pernah menjadi mata-mata Korea Utara yang akhirnya berpihak ke Korea Selatan setelah tertangkap.
Masalah pun dimulai dengan hilangnya anak Manajer Kim yang bernama Kim Min Ji. Insiden tersebut membuat keberadaan mantan mantan mata-mata tersebut terungkap.
Sung Han Su (Choi Dae Hoon) menjadi orang pertama yang didatangi oleh Manajer Kim. Dirinya telah dipercaya karena memiliki otak cerdik dengan kemampuan bela diri yang memumpuni. Kariernya sebagai agen rahasia dimulai setelah Sung Han Su beberapa kali meraih medali emas dalam ajang bergengsi hingga direkrut langsung oleh pemerintah.
Pria tersebut sering menunjukkan kemampuan bela dirinya saat membantu Manajer Kim. Karakternya pun bisa dikatakan sangat berjasa dalam penyelamatan Kim Min Ji. Bahkan, ia berhasil menyusup ke markas DMK untuk menyelamatkan anak Manajer Kim tersebut. Berbagai aksi lainnya pun menunjukkan kecerdikan Sung Han Su.
Berbeda dengan Sung Han Su, Park Jin Cheol (Yoon Kyung Ho) sering tampak bercanda dalam beraksi. Meski begitu, kemampuannya tak bisa diremehkan karena kekuatannya yang sangat besar. Karakternya disebut sangat setia kawan dengan langsung bergabung sama Sung Han Su dan Manajer Kim untuk menyelamatkan Kim Min Ji tanpa dimintai tolong.
Dengan kepercayaan diri yang tinggi, Park Jin Cheol menunjukkan sikap tak kenal takut. Ia tampil garang namun tetap bertingkah konyol yang membuatnya kerap bikin para penonton tertawa. Karakter tersebut pun kerap menghabisi banyak musuh sendirian.
Tak terduga, Jung Sang A (Son Na Eun) juga bergabung dalam Direktorat Misi Khusus (DMK). Ia bekerja sebagai seorang pegawai bank tabungan bersama Manajer Kim untuk mengawasinya. Identitasnya pun langsung dibongkar setelah Kim Min Ji hilang yang membuat mantan mata-mata Korea Utara tersebut hilang kendali.
Jung Sang A awalnya ditugaskan untuk menangkap Manajer Kim. Namun, dirinya justru kerap membantu pria itu untuk kabur karena percaya bahwa Manajer Kim akan menyerahkan diri setelah menemukan sang anak. Jung Sang A pun memberi bantuan pada Manajer Kim untuk mengeluarkan petinggi Korut.
Begitu pula dengan Lim Ho Won (Park Jin Woo) yang merupakan partner Jung Sang A. Awalnya, ia dikira sebagai pemilik penatu biasa yang tinggal di bawah rumah Manajer Kim. Namun, dirinya ternyata juga termasuk agen rahasia yang ditugaskan untuk memantau Manajer Kim.
Walaupun harus bergerak sesuai perintah atasan, Lim Ho Won juga kerap melepaskan Manajer Kim yang ingin mencari anaknya bersama Jung Sang A. Ia memiliki kepercayaan besar pada mata-mata Korea Utara tersebut. Dirinya pun berpihak pada Manajer Kim bersama rekannya di akhir kisah.
Berasal dari Korea Utara, Park Gang Seong (Kim Sung Kyu) menjadi agen rahasia yang dikirim ke Korea Selatan. Ia ditugakan untuk membunuh Manajer Kim yang dicap sebagai pembelot. Sang atasan memanipulasinya dengan mengatakan Manajer Kim yang telah menyebabkan kematian kakaknya.
Untung saja, kebenaran akhirnya terungkap. Park Gang Seong pun mengetahui bahwa dirinya hanya dimanfaatkan dan diadu domba. Pria ini memilih untuk tak membunuh Manajer Kim dan mengganti targetnya. Dengan bantuan Manajer Kim, Park Gang Seong berhasil balas dendam pada Ri Eung Ryeong (Lee Jae Young) dengan mengirimnya ke Korea Utara.
Selama ini, Kang Guk Cheol (Won Hyun Joon) selalu memburu Manajer Kim untuk menangkapnya. Ia memiliki jiwa nasionalisme yang tinggi sehingga tak menyukai orang Korea Utara. Karakternya pun berhasil membuat para penonton emosi karena menjadikan Kim Min Ji sebagai sandera untuk mengendalikan Manajer Kim.
Meski begitu, Kang Guk Cheol membantu Manajer Kim di akhir kisah. Ia menyerahkan mantan mata-mata tersebut ke Korea Utara dengan memborgol padahal tahu kalau borgol tak mempan pada Manajer Kim. Secara tak langsung, ia membantu Manajer Kim dengan tak memberi peringatan pada orang Korea Utara tersebut. Bahkan, dirinya juga membantu Manajer Kim dan Kim Min Ji untuk memulai hidup baru dengan identitas baru pula.
Di akhir kisah, para karakter di atas membantu Manajer Kim dalam berbagai hal. Beberapa memang bikin penonton emosi karena mengganggu karakter utamanya. Namun, mereka sebenarnya punya kepribadian baik hingga akhirnya berpihak pada Manajer Kim di ending drama. Berkat bantuan tersebut, Manajer Kim pun bisa memulai hidup baru bersama sang putri semata wayang.