Konflik cerita drakor Agent Kim Reactivated dimulai dengan hilangnya Kim Min Ji (Seo Su Min) yang merupakan putri tunggal Kim Bujang (Seo Ji Sub). Karena itu, Kim Bujang membuka identitas rahasianya sebagai mantan agen rahasia.
Dalam drama Korea yang diadaptasi dari webtun ini, Kim Min Ji tidak hanya jadi incaran satu orang. Ada setidaknya tiga karakter yang mengincarnya dan menculiknya. Siapa saja mereka?
Golden Teeth (Jo Bok Rae) awalnya tak sengaja menyekap Kim Min Ji. Ia sebelumnya mengira anak itu sudah tewas dibunuh oleh Ju Hye Ri (Yoo Ji An). Karena ingin balas dendam pada Ju Gang Chan (Joo Sang Wook), ayah Ju Hye Ri, ia mau mengurus jasad tanpa tahu Kim Min Ji masih hidup.
Sesampainya di markas gengnya, Golden Teeth dan para anggotanya memindahkan tubuh Kim Min Ji ke dalam gudang dingin dengan suhu yang membeku. Di sana, Kim Min Ji akhirnya sadar dan berusaha melarikan diri dengan memukul kepala Golden Teeth dengan linggis.
Setelah berhasil kabur dari geng Golden Teeth, Kim Min Ji berlari menuju jalan besar dan berupaya mencari tumpangan. Akhirnya, ada satu mobil lewat yang berhenti dan membantunya. Namun, ternyata itu adalah kendaraan Ju Gang Chan. Kim Min Ji pun terjebak dalam ancaman tak terduga.
Tanpa buang waktu, Ju Gang Chan kini yang mengurung Kim Min Ji di vila mewah dan pribadinya. Kim Min Ji sempat bohong dengan bilang tak ingat apa pun soal yang dilakukan Ju Hye Ri, tapi Ju Gang Chan melihat kebohongannya. Untungnya, saat Ju Gang Chan akan membunuh Kim Min Ji dengan suntikan, pihak DMK muncul dan mengintervensi.
Kang Guk Cheol (Won Hyun Joon) adalah ketua Direktorat Misi Khusus (DMK) Korea Selatan. Ia mengepalai banyak agen rahasia, termasuk Jung Sang A (Son Na Eun) dan Tuan Lim (Park Jin Woo). Di satu sisi, ia mengagumi kemampuan Kim Bujang. Namun, di sisi lain, ia menganggap Kim Bujang sebagai ancaman.
Saat Kim Bujang menunjukkan diri dan berbuat kekacauan demi mencari Kim Min Ji, Kang Guk Cheol menjadikannya kesempatan untuk memburu sang mantan agen. Ia memanfaatkan kasih sayang Kim Bujang sebagai seorang ayah dengan menangkap Kim Min Ji dan mengurung anak itu di markas pusat. Tujuannya adalah untuk memancing Kim Bujang agar bisa menangkapnya.
Ketiga karakter di atas bergantian menculik Kim Min Ji dengan tujuan yang berbeda-beda. Apakah Kim Bujang pada akhirnya bisa menyelamatkan putri tunggalnya tersebut? Ikuti terus kisahnya di Agent Kim Reactivated.