Habibie juga mendapatkan desakan dari sejumlah pihak untuk membebaskan tahanan politik, seperti Xanana Gusmao. Salah satunya ketika anggota delegasi Kongres Amerika Serikat bertemu dengan ketua Komnas HAM Marzuki Darusman seperti ditunjukkan dalam kabel bertanggal 25 Mei.
Marzuki percaya bahwa pemerintahan yang baru bergerak terlalu lambat dalam membebaskan tahanan-tahanan politik. Ia pun percaya pemimpin Pembebasan Timor Timur Xanana Gusmao adalah “tahanan politik, titik”. Lalu, ia disebut khawatir terhadap jurang perbedaan antara polisi dan militer terkait tujuan-tujuan penyelidikan dari penembakan/penghilangan orang yang ada.
Pelanggaran HAM juga menjadi topik hangat. Pada 29 Mei, Kedutaan Besar Amerika Serikat mengirimkan kabel berisi tentang pertemuan anggota kongres dan Menteri Kehakiman Muladi mengenai masalah penyiksaan, represi dan pertanggung jawab militer.
Kabel yang dikirim pada 2 Juni menyebut 18 polisi segera diadili karena dituduh bertanggung jawab atas penembakan empat mahasiswa di Universitas Trisakti pada 12 Mei. Bukti forensik menunjukkan bahwa korban tampaknya sengaja ditargetkan, dengan militer yang diturunkan dari sebuah helikopter untuk menarget mereka.
Komunitas Tionghoa-Indonesia pun menjadi obyek kekhawatiran sejumlah pihak. Pada 3 Agustus, kabel dari Jakarta melaporkan tentang persepsi mereka terhadap beragam kondisi di Indonesia. Mereka dikatakan melihat krisis ini berbeda dari kerusuhan anti-Tionghoa yang terjadi sebelumnya.
Kabel tertanggal 12 Agustus juga menyoroti upaya Komnas HAM untuk menekan pemerintahan baru Habibie agar melakukan investigasi sistematis terhadap pelanggaran-pelanggaran HAM terbaru yang dilakukan angkatan bersenjata, tak hanya selama protes Mei 1998 yang mendorong lengsernya Soeharto, tapi juga di Aceh, Papua Barat, serta Timor Timur.
Seorang anggota Komnas HAM berkata kepada pejabat-pejabat Amerika Serikat bahwa “pelanggaran oleh ABRI terus berlanjut, tanpa peduli pada kecaman publik dan investigas yang sedang dilangsungkan” dan bahwa “kredibiltas ABRI terus menurun usai kasus per kasus muncul ke permukaan”.