makam Jan Pieterszoon Coen di museum Wayang Jakarta (commons.m.wikimedia.org)
Pada 20 September 1629 gubernur jenderal yang paling populer itu meninggal akibat wabah kolera. Hal itu bermula setelah Jawa yang dipimpin oleh Sultan Agung melakukan peperangan dengan VOC untuk menguasai wilayah Batavia. Pihak pemimpin Mataram itu telah berkali-kali berusaha menghancurkan benteng pertahanan VOC di ibukotanya, namun tidak banyak membuahkan hasil.
Pada misi penyerangan pertama di bulan Mei 1629 pasukan Sultan Agung kedapatan mulai bergerak menuju Batavia oleh VOC. Akibatnya, gudang-gudang persediaan beras dan perahu-perahu mereka dihancurkan. Hal itu diperparah dengan kondisi Jawa yang mengalami wabah kolera. Akibatnya pasukan Jawa mengalami kekalahan, banyak yang meninggal, kelaparan, dan sisanya kembali ke Mataram.
Sementara itu, pasukan VOC tak banyak yang meninggal dan menderita serta Coen sendiri konon berdiam di benteng pertahanan. Namun, wabah kolera tidak memandang siapapun yang akhirnya menjangkit gubernur jenderal kedua sekaligus keempat tersebut. Coen dinyatakan meninggal akibat wabah tersebut serta dikuburkan di Batavia.
Dengan demikian, masa kekuasaan Coen di Nusantara berakhir. Ia kemudian digantikan oleh Jacques Specx. Bagi bangsa Indonesia ia adalah seorang penjajah ulung yang melemahkan bahkan menghancurkan kerajaan-kerajaan lokal. Akan tetapi bagi bangsa Belanda, ia seorang pahlawan yang bahkan patut dibuatkan patung atau monumen.